大幅度提高了耕地占用税税额标准
新修订的耕地占用税暂行条例，大幅度提高了税额标准，在原规定的税额标准的上、下限都提高4倍左右，各地具体适用税额由省、自治区、直辖市人民政府依照《条例》的规定根据本地区情况核定。同时，为重点保护基本农田，《条例》规定，占用基本农田的，适用税额还应当在上述适用税额的基础上再提高50%。
新条例将外资企业纳入征税范围
新条例取消了原条例第十四条“本条例的规定不适用于外商投资企业”的规定，并对第三条作了两处修改，一是将原文中“纳税义务人”改为“纳税人”，这样表述更为规范；二是增加了第二款内容，对纳税人范围作了具体规定，将外商投资企业和外国企业纳入纳税人范围。[条例对比]
新条例征税对象范围有所扩大
耕地占用税的征税对象是指占用耕地建房或从事其他非农业建设的行为。其中，决定耕地占用税征税对象有两方面要素：一是建设行为，二是被占耕地。纳税人占用除耕地以外的农用地，比如林地、牧草地、农田水利用地和养殖水面等，均应按照条例规定，缴纳耕地占用税。另外，关于临时占用耕地行为，新条例明确规定，纳税人应当依照本条例的规定缴纳耕地占用税。[详细]
新条例重新界定纳税期限
土地管理部门在通知单位或者个人办理占用耕地手续时，应当同时通知耕地所在地同级地方税务机关；获准占用耕地的单位或者个人应当在收到土地管理部门的通知之日起30日内缴纳耕地占用税；土地管理部门凭耕地占用税完税凭证或者免税凭证和其他有关文件发放建设用地批准书。
新条例的纳税时间
《财政部、国家税务总局关于耕地占用税平均税额和纳税义务发生时间问题的通知》（财税[2007]176号）规定耕地占用税纳税义务发生时间：经批准占用耕地的，耕地占用税纳税义务发生时间为纳税人收到土地管理部门办理占用农用地手续通知的当天。未经批准占用耕地的，耕地占用税纳税义务发生时间为实际占用耕地的当天。
新条例计税依据按批准和实际占地面积孰大原则确定
纳税人实际占地面积（含受托代占地面积）大于批准占地面积的，以实际占地面积计税；批准占地面积大于实际占地面积的，以批准占地面积计税。[详细]
重新修定了耕地占用税减免税项目
新修订的耕地占用税暂行条例第八条非常明确规定，下列情形免征耕地占用税： （一）军事设施占用耕地；（二）学校、幼儿园、养老院、医院占用耕地。《条例》取消了有关铁路线路、飞机场跑道、停机坪、炸药库占地免税的规定。新条例增加的减按每平方米2元征收耕地占用税的优惠项目有：铁路线路、公路线路、飞机场跑道、停机坪、港口、水运航道占用的耕地。[详细]
耕地占用税由地方税务机关负责征收
这次调整第九条“耕地占用税由财政机关负责征收”。这种税权的划分，是科学发展观在税收管理的具体体现，使耕地占用税真正成为了一个独立和税种，改变了过去耕地占用税的征收机关是各级政府财政部门。
