金税工程是增值税乃至新税制的“生命线”。实施金税工程至少有以下几个方面的意义：

    第一，实施金税工程有利于税务部门加强对增值税的控管，可以有效地打击和遏制增值税专用发票的犯罪。１９９４年税制改革以来，增值税专用发票方面的违法犯罪行为一直是困扰我国财税工作的一大难题。几年内，全国范围内先后连续出现了一些虚开、代开、伪造增值税专用发票的经济犯罪，不仅扰乱了正常的经济秩序，而且给各级国税部门的税收征管工作在成了很大的压力，下大力气防范和解决增值税违法犯罪行为已迫在眉睫了，根据我国目前的现状，全面实施金税工程是较为理想的选择，一方面，通过推广增值税防伪税控系统，解决增值税专用发票假票问题，另一方面，通过在全国范围内建设增值税稽核系统，可以有效杜绝’真票假开’等增值税专用发票犯罪行为，从而为税务部门管住、管好增值税创造了有利的条件。

    第二，全面实施金税工程可以有效地防范和遏制腐败行为，有利于加强队伍建设和推进依法治税。金税工程网络建成后，通过金税工程的主干网络和各相关子系统，上级国税机关可以对下级国税机关贯彻落实税收政策、依法征税等行为进行及时、全面的监督和制约，能有效保证税务执法的公正性，防止发生腐败行为，从而保证税收执法的透明度和公正性，有利于加强队伍建设，对依法治税将起到积极的推动作用。

    第三，实施金税工程有助于税务部门提高工作效率、提高税收征管质量。金税工程网络建成后，全国国税系统将在内部架起一座信息高速公路，税收征管势必从手工作业向信息化作业发展，依托现代信息技术和网络技术，改造传统的税收征管，一旦建成全国性的税收征管网络，税务部门的决策过程将更加科学、正确，税收执法将更为透明、规范，税收监控将更为及时、有力，税务部门的工作效率和质量将会大大地提高。同时，随着金税工程的推广，所有的增值税一般纳税人，也将全面利用计算机进行申报；在缴纳税款方式上进一步推行纳税人预储税款、自动扣缴的办法，并且充分运用评税软件系统，开展增值税稽核评税工作，促进纳税申报质量的提高。

    第四，推行金税工程有利于企业加强内部管理，提高企业防范财务风险的能力，保护企业的合法经济利益。首先，实施金税工程杜绝利用增值税专用发票进行偷骗税，可以使所有企业在同一起跑线上公平竞争。其次，应用防伪税控系统开具增值税专用发票可以规范企业财务人员的用票行为，杜绝内部人员虚开、代开、开具“大头小尾”增值税专用发票的违法行为。同时也可以帮助企业规避外部不法分子别有用心地利用假票骗税所带来的财务风险，从而将尽可能地保护企业的合法经济利益。因此，对绝大多数以诚信为本、守法经营的纳税人而言，防伪税控系统无疑是一把“保护伞”。此外，就目前实际情况来看，应用防伪税控还有利于提升企业形象，可以给企业带来潜在的经营利益。防伪税控系统能够保障增值税专用发票开具的真实性，这就使得企业在交易活动中比较容易取得对方的信赖，在市场竞争中也无形中多了一些优势。因此，从这个意义上来说，防伪税控系统还可以给企业带来商机。