2003年1月，国家税务总局对推行防伪税控系统和完善与拓展金税工程二期的工作进行部署。新推行企业的开票子系统采用新的 PCI标准接口，并要求在2003年7月1日前推行完毕。通过金税二期的完善与拓展，建立纳税人发票开具、抵扣情况与税款申报缴纳情况相互稽核的机制，全面实现金税工程的税控功能，使之成为基于网络运行基础之上的覆盖增值税征收管理各环节的信息管理系统。其具体内容为：

   （1）防伪税控系统全面覆盖增值税一般纳税人

    自2003年7月1日起，增值税一般纳税人必须通过防伪税控开票子系统开具专用发票，同时废止增值税一般纳税人所用的手写版专用发票。2003年10日1日起增值税一般纳税人所用的手写版专用发票一律不得作为增值税的扣税凭证，税务机关为小规模纳税人代开的手写版专用发票除外。

   （2）分离防伪税控发行子系统和发售子系统

    将目前的防伪税控发行发售子系统一分为二，成为独立的防伪税控发行子系统和发售子系统。

   （3）开发防伪税控开票通用设备共享系统

   （4）开发增值税专用发票抵扣联扫描传输方式

    增值税专用发票抵扣联认证量较大的企业自行扫描后，将采集的抵扣联信息通过互联网传输和软盘报送等方式进行认证。

   （5）增设红字专用发票稽核功能

    在有关系统中建立红字发票稽核和管理功能，防范纳税人利用红字发票进行偷逃税款或者虚开发票的犯罪活动。

   （6）推行一般纳税人认定管理系统

    利用信息化进一步规范一般纳税人认定管理，解决目前发行发售、认定、报税、稽核系统重复采集一般纳税人档案信息的弊病。

   （7）推行增值税一般纳税人纳税评估系统

    全面采集申报和税款入库信息，用发票信息、申报信息和税款入库信息进行交叉稽核。

   （8）开发增值税专用发票管理系统

    对增值税专用发票在税务机关内部的运行情况进行管理。

   （9）税务端防伪税控系统全部实现网络运行

    税务端防伪税控系统包括发行子系统、企业发行子系统、发票发售子系统、报税子系统、认证子系统、一般纳税人认定管理系统和一般纳税人纳税评估系统。

   （10）增值税纳税人的电子申报纳税

    解决税务机关采集纳税人纳税申报信息电子化问题。

   （11）完善协查信息管理系统，拓展金税工程协查业务

    进一步修改和完善协查信息管理系统，增强协查信息的查询和统计功能，加强对协查结果的监控和分析。研究和完善《涉嫌违规发票查处规程》，规范协查工作，提高协查效率。

   （12）建立金税工程二期系统监控平台

    监控平台的建立有利于税务机关对税源进行监控、管理、统计、分析工作。