网上认证系统大致的原理及流程如下：

    （1）首先，纳税人通过拨号上网、宽带接入等方式连接到互联网，并登录到国税局网上认证服务器上。

    （2）纳税人利用扫描仪或键盘，将专用发票抵扣联上的主要信息采集并转化为电子信息。

    （3）软件自动将专用发票电子信息加密后，通过互联网上传到国税局的认证服务器上。

    （4）网上认证服务器接收到发票电子信息后解密，转发给防伪税控认证子系统，由防伪税控认证子系统对该专用发票识伪认证。

    （5）网上认证服务器将认证结果即时回传给企业端，企业端系统接收并显示该结果，同时将该条认证记录存入企业软件数据库中备查。

    （6）每一张认证专用发票的电子信息和认证结果，在国税局端和纳税人端都会留有记录和日志。在国税局端和纳税人端都可以打印认证结果清单，但以国税局端的为准，纳税人端的作为参考。

     一张专用发票通过以上网上认证流程在五秒钟内即可完成认证，企业可在网上随时认证并即时获得国税机关反馈的认证结果。